Унутрашње уређење Канцеларије

1. ‍Сектор за опште и правне послове;
2. Сектор за финансијске послове;
3. Сектор за планирање и реализацију инфраструктурних пројеката;
4. Сектор за правну заштиту, подршку локалној самоуправи и имовинско-правне послове на Косову и Метохији;
5. Сектор за сарадњу са СПЦ и бригу о културном наслеђу;
6. Сектор за повратак, социјална питања и људска права;
7. Сектор за подршку привреди, пољопривреди и руралном развоју;
8. Сектор за међународну сарадњу, подршку Официру за везу при мисији Европске уније у Приштини и ИПА пројекте.

У Канцеларији се као уже унутрашње јединице изван састава сектора образују:

1. Биро Канцеларије за Косово и Метохију у Косовској Митровици у подручној јединици широј од подручја управног округа за Косовско-митровачки и Пећки управни округ са седиштем у Косовској Митровици;
2. Биро Канцеларије за Косово и Метохију у Грачаница у подручној јединици широј од подручја управног округа за  Косовски, Косовско-поморавски и Призренски управни округ са седиштем у Грачаници;
3. Биро Канцеларије за Косово и Метохију у косовском поморављу у подручној јединици за Косовско-поморавски управни округ са седиштем у Гњилану;
4. Биро Канцеларије за Косово и Метохију у Краљеву у подручној јединици широј од подручја управног округа за Рашки,Шумадијски и Расински управни округ са седиштем у Краљеву;